Hasta 2012 las aseguradoras descontaban la subvención correspondiente al Gobierno de Navarra en el momento de la contratación del seguro y lo presentaban a continuación al Departamento para su cobro. Si bien con este sistema el agricultor no tenía que adelantar ninguna cantidad, el Gobierno desconocía a cuánto ascendía el presupuesto que iba a tener que reintegrar cada año, situación que se agravaba en el escenario de reducciones presupuestarias.
Además, este modo de operar era incompatible con la Ley Orgánica de Estabilidad Presupuestaria y Sostenibilidad Financiera, por lo que en 2013 el Gobierno de Navarra tuvo que optar entre suspender las ayudas a los seguros, como ocurrió en otras comunidades autónomas, o cambiar el modelo y establecer un nuevo sistema que encajara en la Ley.
En aquel momento se optó por garantizar el apoyo a la contratación de seguros agrarios a través de la publicación de una convocatoria de ayudas por la que las aseguradoras no le descontaban al asegurado la subvención del Gobierno de Navarra en el momento de la contratación, sino que inicialmente la pagaba el agricultor o ganadero y, en el ejercicio siguiente, en función de las disponibilidades presupuestarias y el cumplimiento de la Ley de Estabilidad, el Gobierno de Navarra les abonaba la subvención que les correspondiera.