Según han manifestado en un comunicado de prensa, además de su ineficacia, este sistema conlleva numerosos trámites burocráticos y costes para los ganaderos "que consideramos excesivos a todos los niveles, y que son los mismos existan o no brotes de enfermedades. En cambio en España nos encontramos con que , además de la identificación individual, los animales deben mantener obligatoriamente el crotal, lo que en la práctica supone una doble identificación obligatoria. En el supuesto de que el animal pierda el crotal, algo que en las ganaderías de extensivo entra dentro de lo posible, el coste de la reidentificación del animal está corriendo también por cuenta del ganadero, de modo que las ganaderías, especialmente las extensivas , están pagando unos sobrecostes aun mayores que el de la propia EID y que consideramos totalmente injustos".
Para la Federación Estatal de Asociaciones de Pastores y Ganadería Extensiva todo esto se da en un contexto en el cual el sector ganadero sufre también importantes recortes," como los retrasos en los pagos de ayudas, por ejemplo la de zonas desfavorecidas en Zamora , o la subida del seguro del MER (recogida de cadáveres) en Castilla y León , el cual se ha incrementado cerca de un 40% más en cada póliza. En Castilla y León este seguro es obligatorio, a pesar de la entrada en vigor del Real Decreto 664/2007, de 25 de mayo que regula la alimentación de aves necrófagas con subproductos animales , y que eliminaría la obligatoriedad de la retirada de cadaveres al menos en zonas de protección de este tipo de aves".
En opinión del coordinador de la FEP :"La imposición del chip es ya la gota que colma el vaso en una serie de políticas absurdas y contrarias a la pequeña explotación ganadera, tan valiosa para el medioambiente y sociedad europeas, diseñadas desde Bruselas sin contar con el ganadero y la realidad del campo, y que pueden acabar con un modo de vida ya de por si contra las cuerdas por los bajos precios que el mercado global impone y otras causas. El EID sólo obedece a un afán desmedido de controlar y burocratizar la agricultura, y al interés económico de quienes producen el aparato. Este es un momento histórico en el que pastores de toda Europa se unen y dicen >Basta< . Sabemos que la ciudadanía prefiere pastores, paisajes y productos de calidad antes que la industrialización y mecanización de la producción alimentaria concentrada en pocas empresas y que no deja de ofrecernos alarmas alimentarias y malestar animal".