La apertura de las negociaciones llegará después de que la UE superase las reticencias de algunos Estados miembros al pacto por ciertas barreras comerciales que mantiene el país asiático y por el posible impacto en ciertos sectores industriales europeos.
Esos temores hicieron que los Veintisiete necesitasen cuatro años para dar el paso desde que Tokio planteó la posibilidad de estudiar un acuerdo.
Japón es el séptimo mayor socio comercial de la UE, en tanto que el bloque europeo es el tercero del país asiático.
Según la CE, el acuerdo podría aumentar el Producto Interior Bruto (PIB) europeo en un punto porcentual, y aumentar en un tercio las exportaciones a Japón.
En términos de empleo, el pacto de libre cambio tiene potencial para generar 400.000 nuevos puestos de trabajo en la UE, según Bruselas.
En paralelo, la UE y Japón negociarán un nuevo acuerdo de asociación, con el que pretender reforzar su cooperación en toda una serie de ámbitos de interés común y llevar su relación a "una nueva fase".
"Una relación más fuerte entre la UE y Japón puede marcar una diferencia real a escala regional y global en la construcción de paz y seguridad, manteniendo el sistema de reglas multilaterales y promoviendo la prosperidad económica", señaló el presidente del Consejo Europeo, Herman Van Rompuy.
El político belga representará junto a Durao Barroso al bloque durante la cumbre del próximo lunes, en la que también se pasará revista a la situación económica de las dos partes; se discutirán asuntos internacionales como el programa nuclear iraní, las amenazas de Corea del Norte y la guerra en Siria, y se abordarán otros temas globales como la lucha contra el cambio climático.