En la actualidad, se ha producido una "anulación de las aportaciones de agua tanto superficiales como subterráneas al sistema y, en la práctica la desaparición de todo el complejo de humedales que constituyen la llamada Mancha húmeda".
Para entender qué ha ocurrido en las zonas húmedas de la Mancha hay que remontarse a 1956 donde la extracción indiscriminada del acuífero para regar cada vez mas hectáreas de cultivo provoco que de mas de 25.000Ha inundables a finales de los años 60 se pasara a a las cerca de 2.000 que existen ahora que pertenecen a las Tablas de Daimiel, declarado en 1973 parque nacional.
Las tablas de Daimiel se nutrían por un lado de las aguas superficiales del Guadiana y el Cigüela y de las aguas subterráneas del acuífero. Actualmente las Tablas sobrevive gracias al trasvase Tajo-Segura. Pero esta transferencia ahora pende de un hilo, esta vez sí por causa de la sequía, y ya no sólo porque los niveles de reserva en la cabecera del Tajo sean bajos, sino porque el cauce del Cigüela está tan seco que si se hiciera un trasvase ahora el agua se infiltraría y no llegaría a su destino.
Otro problema igual de dramático es la contaminación. En el parque nacional la entrada de contaminantes depende de la llegada de agua por el Cigüela, coincidiendo con épocas de máxima inundación. Se trata de vertidos de origen urbano y agrícola, que son «ocasionales pero recurrentes».
Las soluciones están en la aplicación de una gestión adecuada de los recursos existentes donde se controle entre otras cosas la apertura de pozos ilegales.