El recurso contó con informe favorable del Consejo Consultivo de la Comunidad y se cimentó en que la ley 11/2005, de 22 de junio, de modificación de la Ley del Plan Hidrológico Nacional, recoge en su artículo primero que en la fijación de los caudales ambientales de cuenca participarán todas las regiones afectadas, aunque en la disposición décima otorgaba, según la Junta, prevalencia a una única, la catalana, en lo que se refiere al Ebro.
Con ello, según sostuvo la Junta de Castilla y León, Cataluña, que de forma bilateral con el Estado podría decidir sobre el Plan Integral del Delta del Duero, tendría decisión en aspectos que afectan a las otras ocho comunidades de la Cuenca, incluida Castilla y León, en aspectos como el caudal ecológico mínimo que puede llegar al delta, determinar los desembalses o decidir sobre concesiones de agua.
A juicio de Castilla y León, la ley desoía a las otras ocho comunidades en los citados asuntos, en una Cuenca en la que Aragón tiene el 49,65 por ciento; Cataluña el 17,5; Navarra el 11 por ciento; y Castilla y León el 9,5; y en la que también tienen territorio La Rioja, el País Vasco, Castilla-La Mancha, Valencia y Cantabria.
El Abogado del Estado defendió, según la sentencia del TC, la constitucionalidad de la norma en aspectos recurridos por Castilla y León en cuanto que arbitran un mecanismo de especial colaboración justificado por la singularidad del Delta del Ebro y la intensa concurrencia competencial que se produce en ese ámbito.
Tal colaboración, según el Abogado del Estado, "no menoscaba la competencia del Estado en materia de aguas, ni rompe la unidad de la cuenca o el plan hidrológico", ni quebranta los principios constitucionales de coordinación y lealtad institucional, ni otorga privilegios a Cataluña mediante el establecimiento de un procedimiento singular de revisión de este plan".
El Constitucional, que califica el recurso de Castilla y León "de bastante impreciso e inespecífico en la identificación de su objeto", comparte que la competencia del Estado queda salvaguardada en cuanto que de no llegar a un acuerdo sobre el plan específico del Delta del Ebro "no se incorporará al plan hidrológico de la Cuenca", y "en ausencia de acuerdo la decisión estatal se impondrá a las estatales".
El alto tribunal recoge que Castilla y León puede incidir en sus intereses en esta cuenca mediante su participación en los órganos de gobierno de la correspondiente confederación hidrográfica, y garantiza que "no hay ruptura del equilibrio territorial ni diferenciación injustificada, como alega el recurrente, sino colaboración interadministrativa para el ejercicio de competencias recurrentes".