Otra de las diferencias del futuro programa de primas a la agricultura ecológica con respecto al actual será la obligación de cumplir la condición de agricultor activo para cobrarlas y el que serán prioritarias las explotaciones en Red Natura 2000 y en zonas desfavorecidas.
La superficie de agricultura ecológica en Castilla-La Mancha ha crecido en los últimos años de las algo más de 46.300 hectáreas en 2006 a las 297.000 hectáreas en 2010, ocupando los primeros lugares en cuanto a superficie precisamente aquellos cultivos que sufrirán los recortes de las ayudas. Las explotaciones agrarias que se han orientado hacia la agricultura ecológica suponen unas 6.800 en estos momentos.
Lo consideran un "error estratégico" que puede afectar a las ayudas del greening
Por ello, la Unión de Uniones considera "un error estratégico el recorte de ayudas ecológicas a los cultivos más presentes en la economía agraria regional y una clara contradicción respecto de las repetidas manifestaciones de la Consejería de Agricultura de Castilla-La Mancha sobre su apoyo a este tipo de agricultura medioambientalmente sostenibl".
Asimismo, considera que estos recortes pueden suponer "un grave perjuicio a los productores de agricultura ecológica que, además, por la aplicación de la cláusula comunitaria que impide la doble financiación pueden estar afectados de incompatibilidad en cuanto a cobrar las ayudas al greening (complemento verde al pago básico) y a la agricultura ecológica; una cuestión sobre la que todavía ni el Ministerio, ni la Consejería han avanzado ninguna solución".