Entre los años 2000-2007, siendo diputada autonómica en el Parlamento andaluz, Aguilera ejerció como portavoz de Agricultura; y entre los 2009 y 2012 ha sido consejera de Agricultura, Pesca y Desarrollo Rural en la Junta de Andalucía.
Aguilera posee también un amplio conocimiento del sector tras más de doce años de experiencia trabajando en las cooperativas agrarias, llegando a ser gerente de la Federación de Cooperativas Agrarias y Ganaderas (FECOAGA) en la provincia de Granada y de la Federación Andaluza de empresas cooperativas agrarias (FAECA).
Además de vicepresidenta de la comisión de Agricultura, Clara Aguilera se ocupará de los temas de la comisión de Pesca y de la de Comercio Internacional.